Wersja rozszerzona, jak sama nazwa wskazuje, jest dłuższa, jest to tak zwany director cut, czyli nomen omen postać filmu w jakiej chciałby go widzieć reżyser. Ale moim zdaniem akurat w przypadku Donniego Darko lepiej wypada wersja kinowa. Obie wersje różnią się nie tylko długością, ale także muzyką. Tutaj krótki tekst o wersji reżyserskiej DD:
http://www.kmf.org.pl/dir_cut/donnie_darko.html

gdzie ją można znaleźć żeby obejrzec?